Sebelum Himura Kenshin bertemu Kaoru, dia adalah seorang pembunuh menakutkan yang dikenal sebagai Hitokiri Battousai. “Rurouni Kenshin: The Beginning” bercerita tentang Kenshin muda yang menjadi pembunuh nomor satu untuk Ishin Shishi (yang kemudian menjadi “era Meiji”) yang berperang melawan Keshogunan selama hari-hari terakhir era Tokugawa, dan bagaimana dia mendapat tanda “X” yang terkenal di pipi kirinya. Di masa-masa awal Himura Kenshin sebagai Hitokiri Battousai, suatu hari dia bertemu dengan Yukishiro Tomoe, seorang wanita muda cantik yang terlihat tenang tetapi selalu membawa wajah sedih. Battousai dan Tomoe jatuh cinta satu sama lain tetapi sedikit yang dia tahu, Tomoe membawa beban besar di hatinya yang akan mengubah hidup Himura Kenshin selamanya.